In den meisten modernen Bibeln sind Esra und Nehemia zwei getrennte Bücher, aber ursprünglich war es ein zusammenhängendes Werk. Die Geschichte beginnt 50 Jahre nachdem die Babylonier den Tempel zerstört und die meisten Israeliten ins Exil geschickt hatten.
Viele Israeliten kehren nach dem Exil nach Jerusalem zurück. Serubbabel und Nehemia spielen beide eine Rolle bei der Wiederherstellung des Tempels, wobei Serubbabel die Leitung der Angelegenheiten übernimmt und Nehemia die Mauern von Jerusalem
wiederaufbaut. Esra, ein Nachkomme Aarons, kommt später in Jerusalem an und lehrt die neue Generation nach dem Exil Gottes Gesetze.
Die Geschichten der drei Hauptfiguren sind im Aufbau parallel angelegt. Jede Handlung beginnt damit, dass der persische König Kyrus von Gott bewegt wird einen Anführer nach Jerusalem zu schicken und ihm Unterstützung zu bieten. Jeder Anführer stößt dann auf Widerstand zu seinen Bemühungen, den er zwar überwindet, aber am Ende an einem seltsamen Tiefpunkt gelangt.
Für die israelitischen Anführer ist es ein Auf und Ab zwischen Hoffnung und Enttäuschung und am Ende steht die Erkenntnis, dass Gottes Volk eine ganzheitliche Erneuerung der Herzen erfahren muss, damit es seinen Gott lieben und seine Gesetze befolgen kann.
